DOI: 10.1051/vetres:2001130

Vet. Res. 32 (2001) 363-380

Molecular tools for the characterisation of antibiotic-resistant bacteria

Henk J.M. Aarts^a, Karim Sidi Boumedine^b, Xavier Nesme^c and Axel Cloeckaert<sup>b

a</sup>  Rikilt, PO Box 230, 6700 AE Wageningen, The Netherlands
^b  Station de Pathologie Aviaire et Parasitologie, Institut National de la Recherche Agronomique, 37380 Nouzilly, France
^c  Microbial Ecology, UMR-CNRS 5557, Université Claude Bernard-Lyon I, 69622 Villeurbanne Cedex, France

(Received 16 March 2001; accepted 5 April 2001)

Abstract
This review will discuss a number of molecular tools which are currently used as well as some innovative approaches for the characterisation of antibiotic-resistant bacterial strains. Various methods involved in the detection and characterisation of genes and mutations associated with antibiotic resistance and that are used for strain typing as part of epidemiological studies, are described. Furthermore, a few examples are discussed in which the results of both gene and strain characterisation are combined to investigate the underlying mechanism of the spread of antibiotic resistance. Some of the available molecular techniques are heavily supported by the existence of databases on the Internet. These databases either contain a fast growing amount of sequence information or a large number of allelic or fingerprint profiles. The current progress in applied DNA technology and the ongoing projects on the elucidation of the whole genomic sequence of bacterial species have lead and will further lead to the development and application of sophisticated new strategies for the analysis of antibiotic resistant bacterial strains.

Résumé
Outils moléculaires pour la caractérisation de bactéries résistantes aux antibiotiques. Cette revue présente les outils moléculaires utilisés actuellement ainsi que des nouvelles approches pour la caractérisation de souches bactériennes résistantes aux antibiotiques. Différentes méthodes de détection et de caractérisation des gènes et des mutations impliqués dans la résistance aux antibiotiques, utilisées dans des études épidémiologiques, sont décrites. Quelques exemples sont présentés où sont associées les caractérisations du gène et de la souche bactérienne dans l'étude des mécanismes de diffusion de résistances aux antibiotiques. Certaines techniques moléculaires font largement appel aux banques de données disponibles sur Internet. Ces banques de données contiennent un nombre croissant d'informations comprenant des séquences ou des profils de typages moléculaires. Le progrès fait actuellement au niveau de technologies ADN appliquées et les projets en cours sur les séquençages de génomes entiers des espèces bactériennes ont conduit et conduiront progressivement au développement et à l'application de nouvelles stratégies sophistiquées pour l'analyse de souches bactériennes résistantes aux antibiotiques.

Key words: antibiotic resistance / molecular detection / molecular typing / horizontal gene transfer / new approaches

Mots clés : résistance aux antibiotiques / détection moléculaire / typage moléculaire / transfert horizontal de gènes / nouvelles approches

Correspondence and reprints: Henk J.M. Aarts Tel.: (31) 317 475604; fax: (31) 317 417717;
    e-mail: h.j.m.aarts@rikilt.wag-ur.nl

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