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Issue
Vet. Res.
Volume 31, Number 4, July-August 2000
Page(s) 437 - 445
DOI http://dx.doi.org/10.1051/vetres:2000130
How to cite this article Vet. Res. (2000) 437-445
DOI: 10.1051/vetres:2000130

Vet. Res. 31 (2000) 437-445

A RT-PCR assay for the rapid recognition of border disease virus

Stefan Vilceka and David J. Patonb

aUniversity of Veterinary Medicine, 041 81 Kosice, Slovakia
bVeterinary Laboratories Agency-Weybridge, Addlestone, Surrey KT15 3NB, UK

(Received 28 December 1999; accepted 30 March 2000)

Abstract:

A reverse transcription - polymerase chain reaction (RT-PCR) method was developed for the specific detection of border disease virus (BDV), using the primers PBD1 and PBD2 flanking a 225 bp DNA fragment, selected from the 5' noncoding region of the pestivirus genome. In tests on 70 pestiviruses it was shown to be BDV-specific. A closed, one-tube nested RT-PCR method employing general pestivirus outer primers (324 and 326), and the same BDV-specific inner primers (PBD1 and PBD2) in conjunction with a BDV-specific fluorogenic TaqMan probe also detected only BDV and was more sensitive. BDV-specific RT-PCR was used in combination with a PCR specific for bovine viral diarrhoea virus type 2 (BVDV2) to ascertain whether virus stocks contained mixtures of BDV and BVDV2. It was shown that the ovine pestivirus strains 175375 and 59386 were originally BDV, but after subculture had become contaminated with BVDV2. This explains a previously reported discrepancy in the genetic typing of 59386. Although the BDV-specific RT-PCR can also detect BDV in clinical samples, the assay is likely to be most useful for the rapid typing of laboratory pestivirus strains.


Keywords: border disease virus / BDV / RT-PCR / typing / pestivirus contamination

Résumé:

Identification rapide du border disease virus par RT-PCR. Une méthode d'amplification en chaîne par polymérase après transcription inverse (RT-PCR) a été développée pour la détection spécifique du border disease virus (BDV), utilisant les amorces PBD1 et PBD2 flanquant un fragment d'ADN de 225 pb, choisi dans la région 5' non codante du génome des pestivirus. Des tests sur 70 souches de pestivirus ont démontré la spécificité de la méthode. Une méthode de RT-PCR nichée dans un seul tube fermé a également permis de détecter spécifiquement le BDV, tout en améliorant la sensibilité. Cette dernière méthode utilise des amorces externes générales pour les pestivirus (324 et 326), les amorces internes PBD1 et PBD2 ainsi qu'une sonde fluorogénique TaqMan reconnaissant spécifiquement le BDV. Les stocks de virus ont été testés à la fois par RT-PCR spécifique du BDV et RT-PCR spécifique du virus de la diarrhée bovine type 2 (BVDV2), afin de déterminer s'ils contenaient un mélange des deux virus. Il a ainsi été montré que les souches de pestivirus ovins 175375 et 59386 étaient initialement du BDV, mais ont été contaminées par du BVDV2 lors de cultures. Ceci explique les différences constatées dans les résultats de précédents typages génétiques de 59386. La RT-PCR peut être utilisée pour détecter du BDV dans des échantillons cliniques, mais elle est surtout utile pour le typage rapide des souches pestivirales en laboratoire.


Mots clé : border disease virus / BDV / RT-PCR / typage génétique / contamination par pestivirus

Correspondence and reprints: David J. Paton
tel.: (44) 1932 357285; fax: (44) 1932 357239; e-mail: dpaton.cvl.wood@gtnet.gov.uk

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